El Colegio de San Isidoro, el instituto irlandés más antiguo de Roma, fue fundado por Luke Wadding (1588-1657) en el año 1625. Originario de Waterford, Wadding había dejado Irlanda para ir a Lisboa tras la muerte de sus padres en 1602 y se había unido a los franciscanos en 1604. Llegó a Roma en diciembre de 1618 como consejero teológico de una delegación española enviada por Felipe III al Papa Pablo V. El Papa, sin embargo, rechazó la petición del rey español de una definición solemne de la doctrina de la Inmaculada Concepción. A pesar del fracaso de la delegación, Wadding permaneció en Roma el resto de su vida. En 1625 se ofreció a hacerse cargo de San Isidoro, un pequeño convento español abandonado, que no había sido terminado y estaba lleno de deudas, y transformarlo en un colegio para la formación de los jóvenes franciscanos irlandeses. De hecho, dicha formación ya no era posible en Irlanda, a causa de la destrucción de los conventos durante la conquista isabelina. En cinco años, con la ayuda de benefactores adinerados, Wadding logró saldar las deudas, terminar la iglesia y ampliar notablemente el convento original.
San Isidoro es famoso por su biblioteca y el archivo, reunidos y establecidos por el propio Wadding cuando trabajaba en la historia de la Orden Franciscana. Hasta el día de hoy sigue siendo un punto de referencia indispensable para los estudiosos de la historia franciscana primitiva. Animado por su amigo, el conocido historiador del arte Gian Pietro Bellori (1613-1696), Wadding empleó artistas talentosos como Carlo Maratti (1625-1713) para embellecer la iglesia. Los espléndidos frescos del Aula, pintados por Fra Emanuele da Como (1625-1713) entre 1671 y 1672, conmemoran la contribución de los franciscanos irlandeses al desarrollo de la doctrina de la Inmaculada Concepción
