O Colégio de Santo Isidoro, o mais antigo instituto irlandês em Roma, foi fundado pelo Frei Lucas Wadding (1588-1657) no ano de 1625. Originário de Waterford, Wadding tinha deixado a Irlanda para Lisboa após a morte dos seus pais, em 1602, e entrou para os Franciscanos em 1604. Chegou a Roma em dezembro de 1618, como conselheiro teológico de uma delegação espanhola enviada por Filipe lII ao Papa Paulo V. O Papa, porém, recusou o pedido do rei espanhol de uma definição solene da doutrina da Imaculada Conceição. Apesar do fracasso da delegação, Wadding permaneceu em Roma até ao fim da sua vida. Em 1625 ofereceu-se para tomar conta de Santo Isidoro, um pequeno convento espanhol abandonado, inacabado e cheio de dívidas, e transformá-lo num colégio para a formação de jovens franciscanos irlandeses. Esta formação, de facto, já não era possível na Irlanda, devido à destruição dos conventos durante a conquista isabelina. Em cinco anos, e com a ajuda de benfeitores abastados, Wadding conseguiu pagar as suas dívidas, terminar a igreja inacabada e ampliar consideravelmente o convento original.
S. Isidoro é conhecida pela sua biblioteca e arquivo, reunidos e constituídos pelo próprio Wadding quando estava a trabalhar na história da Ordem Franciscana. Ainda hoje continua a ser um lugar de referência indispensável para os estudiosos da história dos primeiros franciscanos. Incentivado pelo seu amigo, o célebre historiador de arte Gian Pietro Bellori (1613-1696), Wadding empregou artistas talentosos como Carlo Maratti (1625-1713) para embelezar a igreja. Os esplêndidos frescos, pintados por Fra Emanuele da Como (1625-1713) no ano de 1671/2, comemoram a contribuição dos franciscanos irlandeses para o desenvolvimento da doutrina da Imaculada Conceição.