Uma antiga tradição identifica a fundação da igreja no mesmo local onde o apóstolo Paulo se hospedou em Roma. Foi primeiro transformado em oratório e depois em igreja no século IV. Somente em 1594 foi entregue aos cuidados dos Agostinianos Descalços que, porém, em 1619 a cederam à Terceira Ordem Regular de São Francisco da Nação Siciliana, que ali estabeleceu um “Collegium Siculum”.
Desde 2014, esta igreja tornou-se um ponto de referência para a comunidade ortodoxa búlgara, graças à concessão do Vicariato de Roma que lhes permite celebrar a liturgia dominical neste local sagrado.