Donde hoy se alza la basílica, en la antigüedad se alzaban dos complejos monumentales de la época imperial: el Castro Pretorio, cuartel de la guardia imperial y las Termas de Diocleciano.
En 1863 el Papa Pío IX inauguró un nuevo ferrocarril en esta zona, que se llamará Estación Termini por su proximidad con las Termas de Diocleciano, y en el mismo periodo comenzó la construcción de un templo dedicado al Sagrado Corazón de Jesús, siguiendo el fuerte movimiento que se había establecido sobre todo en Francia, Luxemburgo e Italia gracias al impulso del padre barnabita Antonio Maresca. También en la ciudad de Luxemburgo, por ejemplo, existe todavía una iglesia dedicada al Sagrado Corazón de Jesús cerca de la Estación Central.
A causa de la falta de fondos la construcción se detuvo inmediatamente, hasta 1880 cuando el Papa León XIII confió el proyecto a D. Juan Bosco, que lo amplía e incluye un hospicio para poder albergar a los más necesitados.
Finalmente, el 14 de mayo de 1887, tras muchísimas dificultades y falta de financiación, la iglesia fue consagrada solemnemente.
El 16 de mayo de 1887 Don Bosco celebró su única Misa dentro de esta iglesia. Una placa en su interior recuerda que fue interrumpida por los sollozos del sacerdote conmocionado por la visión del “sueño de los 9 años”, cuyo significado le fue revelado junto con el de su misión.
En la actualidad, este lugar alberga la Congregación Salesiana y la Cancillería de la Embajada de Luxemburgo ante la Santa Sede.