Dove oggi sorge la basilica, nell’antichità sorgevano due complessi monumentali dell’epoca imperiale: il Castro Pretorio, caserma delle guardie imperiali e le Terme di Diocleziano.
Nel 1863 papa Pio IX inaugura la nascita di una nuova ferrovia in questa zona, che prenderà il nome di Stazione Termini per la vicinanza con le Terme di Diocleziano, e nello stesso periodo darà avvio alla costruzione di un tempio dedicato al Sacro Cuore di Gesù, facendo seguito al forte movimento affermato soprattutto in Francia, Lussemburgo e Italia grazie all’impulso del Padre barnabita Antonio Maresca. Anche nella città di Lussemburgo ad esempio, ancora oggi vicino la Stazione Centrale c’è una chiesa dedicata al Sacro Cuore di Gesù.
Per mancanza di fondi la costruzione si ferma subito, fino al 1880, quando papa Leone XIII affida il progetto a don Giovanni Bosco che lo amplia e include un ospizio dove sarebbe stato possibile ospitare i più bisognosi.
Il 14 maggio 1887, finalmente, dopo numerosissime difficoltà e fondi mancanti, la chiesa viene solennemente consacrata.
Il 16 maggio 1887 don Bosco celebrerà la sua unica messa all’interno di questa chiesa. Una lapide all’interno, ricorda che fu interrotta dai singhiozzi del sacerdote, perché scosso dalla visione del “sogno dei 9 anni”, di cui gli si svelava il senso insieme a quello della sua missione.
Ad oggi questo luogo ospita la Congregazione Salesiana e la Cancelleria dell’Ambasciata del Lussemburgo presso la Santa Sede.