قديمًا، في المكان الّذي تقوم فيه الكنيسة اليوم، كان يوجد مجمّعين ضخمين من الحقبة الامبراطوريّة: كاسترو بريتوري، ثكنة الحرس الإمبراطوري، وحمّامات ديوكلتيانوس.
في العام 1863، افتتح البابا بيوس التاسع خط سكّة حديد جديدة في هذه المنطقة، والتي ستأخذ فيما بعد اسم "محطّة تيرميني" (Termini) نظرًا لقربها من حمّامات ديوكلتيانوس (le Terme di Diocleziano)، وفي نفس الفترة، سوف يعطي البابا الإشارة لبدء بناء كنيسة مكرسّة على اسم قلب يسوع الأقدس، بعد الحركة القويّة التي نشأت، خاصّة في فرنسا، اللوكسمبورغ وإيطاليا، بدافع من الأب البارنابيتي أنطونيو ماريسكا (البارنابيتي: جمعيّة رهبانية تأسست في ميلانو حوالي العالم 1530؛ أخذت اسمها نسبة للقديس برنابا). وأيضًا حتى اليوم، مثلاً، في اللوكسمبورغ، توجد كنيسة مكرّسة على اسم قلب يسوع الأقدس بالقرب من محطة القطار الرئيسيّة.
توقّف بعدها البناء فورًا لسبب نقص الأموال، حتّى العام 1880، عندما عَهِدَ البابا لاون الثّالث عشر بالمشروع إلى الأب جيوفاني بوسكو (دون بوسكو)، الّذي قام بتوسيع المشروع ليشمل بيت ضيافة، حيث أصبح من الممكن إيواء من هم أكثر حاجة.
أخيرًا، في 14 أيار 1887، وبعد العديد من الصعوبات ونقص التّمويل، تمّ تكريس الكنيسة رسميًا وبطريقة احتفاليّة.
في 16 أيّار 1887، سوف يحتفل دون بوسكو بقداسه الوحيد داخل هذه الكنيسة. وتذكر لوحة موجودة داخل الكنيسة، أنّ تنهدّات الكاهن انقطعت بسبب تأثّره برؤية "حلم 9 سنوات"، الّذي انكشف له معناه بالإضافة إلى معنى رسالته.
يستقبل هذا المجمّع اليوم جمعيّة الساليزيانيين ومستشاريّة سفارة اللوكسمبورغ لدى الكرسي الرسولي.