Los trabajos para su construcción comenzaron en 1551 por deseo de Ignacio de Loyola, fundador de la Compañía de Jesús, muy activo durante las reformas protestantes.
Esta iglesia está muy vinculada a la comunidad lituana, sobre todo por la presencia en su interior de la tumba de Jerzy Radziwiłł (1556‑1600), que fue el primer cardenal de Lituania de la historia, consagrado con tan solo 27 años.
La estructura arquitectónica marcó, además, un punto de inflexión en la historia del arte. Fue construida, de hecho, siguiendo el espíritu de los decretos del Concilio de Trento, durante la Contrarreforma. El proyecto preveía una única nave, para centrar la atención de los fieles en el altar y en el orador. Un modelo que, en adelante, se utilizará también en los distintos edificios religiosos erigidos por la Compañía de Jesús en todo el mundo.
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