Prace przy budowie kościoła rozpoczęto w 1551 roku z woli Ignacego Loyoli, świętego aktywnie działającego w okresie reform protestanckich i założyciela zakonu Towarzystwa Jezusowego.
Kościół ten jest ściśle związany ze społecznością litewską przede wszystkim ze względu na obecność we wnętrzu świątyni grobowca Jerzego Radziwiłła (1556-1600), który był pierwszym w historii litewskim kardynałem konsekrowanym w wieku zaledwie 27 lat.
Struktura architektoniczna była również punktem zwrotnym w historii sztuki sakralnej. Kościół zbudowano w duchu dekretów Soboru Trydenckiego, w okresie kontrreformacji. Projekt przewidywał jedną nawę, aby skupić uwagę wiernych na ołtarzu i kaznodzieju. Koncept ten wykorzystywano później do budowy innych miejsc sakralnych wznoszonych przez Towarzystwo Jezusowe na całym świecie.