Die Bauarbeiten begannen 1551 auf Geheiß von Ignatius von Loyola, dem Gründer der Gesellschaft Jesu, der während der protestantischen Reformen sehr aktiv war.
Diese Kirche ist der litauischen Gemeinschaft sehr verbunden, vor allem wegen des Grabes von Jerzy Radziwiłł (1556-1600), der erstmals in der Geschichte im Alter von nur 27 Jahren zum ersten Kardinal von Litauen geweiht wurde.
Das architektonische Bauwerk stellt auch einen Wendepunkt in der Kunstgeschichte dar. Sie wurde nämlich im Geiste der Dekrete des Konzils von Trient während der Gegenreformation erbaut. Der Entwurf sah ein einziges Kirchenschiff vor, um die Aufmerksamkeit der Gläubigen auf den Altar und den Redner zu lenken. Ein Modell, das später auch für die verschiedenen religiösen Gebäude verwendet wurde, die die Gesellschaft Jesu weltweit errichteten ließ.