As obras para sua construção começaram em 1551 por testamento de Inácio de Loyola, fundador da Companhia de Jesus, muito atuante durante as reformas protestantes.
Esta igreja está intimamente ligada à comunidade lituana, sobretudo pela presença no interior do túmulo de Jerzy Radziwiłł (1556-1600), que foi o primeiro cardeal lituano consagrado na história com apenas 27 anos.
A estrutura arquitetônica também marcou uma virada na história da arte. Na verdade, foi construído no espírito dos decretos do Concílio de Trento, durante a contra-reforma. O projeto previa uma nave única, para concentrar a atenção dos fiéis no altar e no orador. Um modelo que, mais tarde, servirá também para os vários edifícios religiosos erguidos pela Companhia de Jesus pelo mundo.
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