Les travaux de sa construction commencèrent en 1551 par la volonté d'Ignace de Loyola, fondateur de la Compagnie de Jésus, très actif lors des réformes protestantes. Cette église est étroitement liée à la communauté lituanienne surtout pour la présence à l'intérieur de la tombe de Jerzy Radziwiłł (1556-1600), qui fut le premier cardinal lituanien consacré dans l'histoire à l'âge de seulement 27 ans. La structure architecturale a également marqué un tournant dans l'histoire de l'art. En fait, l’édifice a été construit dans l'esprit des décrets du Concile de Trente, lors de la contre-réforme. Le projet prévoyait une nef unique, pour focaliser l'attention des fidèles sur l'autel et l'orateur. Un modèle qui, plus tard, sera également utilisé pour les différents édifices religieux érigés par la Compagnie de Jésus à travers le monde.