此教堂的建设工作在耶稣会创办人圣纳爵·罗耀拉(Ignazio di Loyola)的意愿下于1551年开始进行,圣纳爵在宗教改革期间非常活跃。
这座教堂对立陶宛侨团非常重要,特别是因为教堂内有耶日·拉齐维乌(Jerzy Radziwiłł ,1556-1600)的坟墓,他是历史上第一位被祝圣的立陶宛枢机主教,当时只有27岁。
该建筑结构也标志着艺术史上的一个转折点。它正是按着反宗教改革时期的特伦多大公会议的决议之精神建造的。设计要求采用单一的中央走道,以使信徒们的注意力集中在祭坛和讲道者身上。这种模式后来也被用于耶稣会在世界各地建立的各种宗教建筑。