En el Liber Pontificalis se atribuye la construcción de la basílica al papa Simplicio entre los años 468 y 483, quien la dedicó a San Esteban y la hizo edificar sobre un antiguo cuartel. Este fue destruido y nivelado para la construcción de la basílica probablemente en el siglo V. Sin embargo, no fue hasta el siglo XII cuando la iglesia adquirió su forma actual.
Entre 642 y 649, el papa Teodoro I hizo trasladar las reliquias de los santos Primo y Feliciano desde las catacumbas de la Vía Nomentana hasta el brazo noreste de la basílica, en una capilla dedicada a ellos.
Bajo el papa Nicolás V (1447-1455), el cuidado de la iglesia, ahora en ruinas, se confió a la orden paulina húngara, gracias al procurador de la orden paulina, Kapusi Bálint, que mantenía buenas relaciones con el Papa. Así, el altar mayor se dedicó, entre otros, a santos húngaros de la familia real de Árpád, como san Esteban, primer rey de Hungría, su hijo san Emerico y el rey Ladislao.
Finalmente, en 1580, con el apoyo del Papa Gregorio XIII, se fundó el Collegium Hungaricum, que por razones financieras tuvo que fusionarse con el Colegio Germánico, con el fin de formar buenos sacerdotes que contribuyeran a la Contrarreforma católica.