在教宗列传(Liber Pontificalis)中记载圣殿的建造是由教宗辛普利修一世(Simplicius)在468至483年间完成的,他将其奉献给了圣斯德望(Santo Stefano),并建在一个旧的兵营上。这兵营估计在5世纪时为建造圣殿而被夷为平地。
直到12世纪,教堂才呈现出现今所见外观。
另外,在642年和649年之间,教宗特奥多路鲁斯一世(Teodoro I)将圣人普利莫 (Primo)和斐利谦 (Feliciano)的圣髑从诺门塔纳道的墓窟移到了圣殿的东北角侧廊,放在一个专门为他们而设小神堂里。
在教宗尼古拉五世(Nicola V ,1447-1455)时期,这座已成为废墟的教堂被委托给匈牙利的圣保禄会(ordine paolino)管理,这要感谢圣保禄会的会长代理人卡普西-巴林特(Kapusi Bálint)与教宗本人有着良好的关系。因此,正祭台也同时供奉阿尔帕德王朝(Árpád)的匈牙利圣人,如匈牙利第一国王圣伊什特万(Santo Stefano)、他的儿子圣亚米利(Sant’Emerico)和拉迪斯拉夫国王(Ladislao)。
最后,在1580年,在教宗额我略十三世(Gregorio XIII,)的支持下,匈牙利学院(Collegium Hungaricum)成立了。由于财政原因,它不得不与日耳曼学院(Collegio Germanico)合并,以培养优秀的神父,为反宗教改革作出贡献。