في السجل البابوي (Liber Pontificalis)، يدوّن أن بناء الكاتدرائية يعود إلى إرادة البابا سمبليشيوس (Simplicio) بين عامي 468 و 483، والتي كرسها على اسم القديس اسطفانوس وقام ببنائها فوق ثكنة قديمة. تم هدم هذه الثكنة ثمّ تسوية الأرض تمهيدًا لبناء الكاتدرائية، على الأرجح في القرن الخامس.
اتّخذت الكنيسة شكلها الحالي في القرن الثّاني عشر.
علاوة على ذلك، بين عامي 642 و 649، نقل البابا تيودوروس الأول (Teodoro I) ذخائر القديسين بريمو وفيليشيانو (Primo e Felicino) من المدافن الرومانية أو السراديب (catacombe) الّتي في شارع نومينتانا (Nomentana) إلى القسم الشمالي الشرقي للبازيليكا، ليحفظها داخل كابيلا مكرّسة لهما.
تمّ تسليم رعاية الكنيسة، مع البابا نيكولاوس الخامس (1447-1455) (Nicola V)، والتي أصبحت في حالة خراب، إلى الرهبنة البولسية المجرية، وذلك بفضل وكيل الرهبنة البولسية "كابوسي بالينت" (Kapusi Bálint)، الذي كان على علاقة جيدة مع البابا نفسه. بهذه الطريقة تمّ تكريس المذبح الرئيسي، من بين مذابح أخرى، للقديسين المجريين الَّذين من العائلة المالكة في أرباد (Árpád)، على سبيل المثال القديس اسطفانوس الأول ملك المجر وابنه القديس إيمريك (Emerico) والملك لاديسلاوس (Ladislao).
أخيرًا، في العام 1580، وبدعم من البابا غريغوريوس الثالث عشر، تم تأسيس المعهد المجري (Collegium Hungaricum)، والذي لأسباب مادية، تمّ دمجه مع المعهد الألماني (Collegio Germanico)، من أجل تنشئة جيدة للكهنة الذين سيساهمون في الإصلاح الكاثوليكي المضاد.