En el interior de la basílica de San Clemente se conservan los restos del Papa San Clemente (tercer sucesor de San Pedro), San Ignacio de Antioquía y San Cirilo (apóstol de los eslavos). San Cirilo y su hermano San Metodio, originarios de Tesalónica, evangelizaron Moravia en el año 863 (por lo que son particularmente queridos por la comunidad de la República Checa) y contribuyeron al desarrollo de la literatura eslava. Durante una misión anterior en Crimea, San Cirilo encontró las reliquias de San Clemente. En el año 867, después de haber traducido los textos litúrgicos eslavos, los dos hermanos llegaron a Roma para recibir la aprobación por parte del Papa Adriano II.
Inmediatamente después, San Cirilo se enfermó, pero de todos modos decidió entrar en el monasterio de monjes griegos de la basílica de Santa Práxedes, donde murió en el año 869, a la edad de 42 años. Metodio logró obtener el permiso para enterrar los restos del Santo en la basílica de San Clemente, para que su hermano pudiera reposar al lado del Papa Clemente, cuyas reliquias había traído a Roma.
La iglesia actual, construida en el siglo XII, está bajo la custodia y administración de los Padres Dominicos Irlandeses desde 1677. En 1857, el Padre Prior Joseph Mulloly realizó las excavaciones que sacaron a la luz la antigua Basílica de San Clemente del siglo IV y otro nivel inferior con edificios del siglo I.
