À l'intérieur de la basilique Saint Clément, sont encore conservés aujourd'hui les restes de Saint Clément Pape (troisième successeur de Saint-Pierre), de Saint Ignace d’Antioche et de Saint Cyrille (apôtre des Slaves). Saint Cyrille et son frère saint Méthode, originaires de Thessalonique, évangélisèrent la Moravie en 863 (raison pour laquelle ils sont particulièrement chers à la communauté de République Tchèque) et contribuèrent au développement de la littérature slave. Saint Cyrille lors d'une précédente mission en Crimée retrouva les reliques de Saint Clément. En 867, après avoir traduit les textes liturgiques slaves, les deux frères arrivèrent à Rome pour son approbation par le Pape Hadrien II.
Aussitôt après, Saint Cyrille tomba malade mais décida néanmoins d'entrer au monastère des moines grecs de la basilique Sainte Praxède où il mourut en 869, à l'âge de 42 ans. Méthode réussit à obtenir l'autorisation d'enterrer les restes du Saint dans la basilique Saint Clément, afin que son frère puisse reposer à côté du pape Clément dont il avait apporté les reliques à Rome.
L'église actuelle, construite au XIIe siècle, est tenue et administrée par les Pères Dominicains irlandais depuis 1677. En 1857, le prieur P. Joseph Mulloly effectua des travaux de fouille qui ont permis la découverte de l'antique Basilique Saint Clément du IVe siècle ainsi qu’un autre niveau inférieur avec des bâtiments du 1er siècle.
