لا تزال محفوظة داخل كاتدرائية القديس إكليمنضوس رفات البابا القديس إكليمنضوس (خليفة القديس بطرس الثالث)، والقديس إغناطيوس الأنطاكي، والقديس كيرلّس (رسول السّلاف). قام القديس كيرلّس وشقيقه القديس ميثوديوس، اللذين أصلهما من تسالونيكي، بتبشير مدينة مورافيا في عام 863 (لهذا هما غاليان على قلب مجتمع جمهورية التشيك) وساهما في تطوير الأدب السلافي. خلال رسالة تبشيرية سابقة في شبه جزيرة القرم، وجد القديس كيرلّس ذخائر القديس إكليمنضوس. وفي العام 867، بعد أن ترجما النصوص الليتورجية السلافية، وصل الأخوان إلى روما من أجل الحصول على موافقة البابا أدريانوس الثاني.
مباشرة بعد ذلك، مرض القدّيس كيرلُّس، لكنّه قرّر دخول دير الرهبان اليونانيين في بازيليك القدّيسة بريسّيدي (Santa Pressede) حيث توفّي في العام 869 عن عمر يناهز 42 عامًا. بعدها، استطاع أخوه، ميثوديوس، من الحصول على إذن دفن رفات القدّيس في بازيليكا القدّيس إكليمنضوس، بحيث يستطيع شقيقه الاستراحة بجوار البابا إكليمنضوس الَّذي كان قد سبق وأن أحضر رفاته إلى روما.
أشرف على الكنيسة الحالية، التي بُنِيَت في القرن الثاني عشر، وأدارها الآباء الدومينيكان الإيرلنديين منذ عام 1677. وفي عام 1857، قام رئيس الدير الأب جوزيف مولّولي، بتنفيذ أعمال التنقيب التي أظهرت إلى العلن كنيسة القديس إكليمنضوس القديمة التي من القرن الرابع ومستوى آخر أدنى فيه مباني من القرن الأول.
