No interior da Basílica de S. Clemente ainda hoje se conservam os restos mortais do Papa São Clemente (terceiro sucessor de S. Pedro), de Santo Inácio de Antioquia e de São Cirilo (apóstolo dos eslavos). São Cirilo e o seu irmão, São Metódio, originários de Tessalónica, evangelizaram a Morávia em 863 (pelo que são particularmente queridos pela comunidade da República Checa) e contribuíram para o desenvolvimento da literatura eslava. Durante uma missão anterior a esta, São Cirilo encontrou as relíquias de São Clemente, na Crimeia. Em 867, depois de terem traduzido os textos litúrgicos eslavos, os dois irmãos foram a Roma para obter a aprovação dos mesmos da parte do Papa Adriano II.
Pouco tempo depois, São Cirilo adoeceu, mas decidiu ainda assim entrar no mosteiro dos monges gregos, na basílica de Santa Prassede, onde morreu em 869, com 42 anos de idade. Metódio conseguiu obter autorização para enterrar os restos mortais de seu irmão na basílica de São Clemente, para que pudesse repousar ao lado do Papa Clemente, cujas relíquias tinha levado para Roma.
A igreja atual, construída no século XII, é guardada e administrada pelos padres dominicanos irlandeses desde 1677. Em 1857, o Prior P. Joseph Mulloly efectuou escavações que trouxeram à luz a antiga Basílica de S. Clemente, do século IV, assim como um outro nível inferior, com edifícios do século I.
