Los orígenes de la iglesia de San Miguel y San Magno, enclavada en el extremo norte de la colina del Gianicolo, son antiguos. Las fuentes datan el primer núcleo arquitectónico en el siglo IX, cuando la población de los frisios, procedentes de las zonas costeras del Mar del Norte y convertidos al cristianismo, decidieron construir una capilla para su schola. En efecto, en torno a la tumba del apóstol Pedro habían surgido a principios de la Edad Media varias comunidades dedicadas a acoger y asistir a los peregrinos de una determinada nación que la visitaban: las scholae peregrinorum. No eran sólo de los frisones, sino también, por ejemplo, de los francos, lombardos y sajones.
En 1989, San Juan Pablo II decidió consagrar un altar hasta entonces pagano, con las reliquias de los primeros misioneros de los Países Bajos, los santos Servacio y Wilibrordo