Początki kościoła świętych Michała i Magnusa, położonego na północnym krańcu Janikulum, są bardzo stare. Źródła datują pierwsze prace architektoniczne na IX wiek, kiedy to kolonia Fryzów, pochodząca z terenów przybrzeżnych wzdłuż Morza Północnego i nawrócona na chrześcijaństwo, postanowiła wybudować dla swojej scholi kaplicę. We wczesnym średniowieczu wokół grobu apostoła Piotra powstało kilka wspólnot, które przyjmowały pielgrzymów z określonego narodu: w tzw. scholae peregrinorum. Pochodziły one nie tylko od Fryzów, ale także na przykład od Franków, Longobardów i Sasów.
W 1989 roku św. Jan Paweł II podjął decyzję o poświęceniu pogańskiego ołtarza wraz z relikwiami pierwszych misjonarzy z Holandii, świętych Serwacego i Wilibrorda.