Les origines de l'église des Saints Michel et Magnus, perchée à l'extrémité nord du Gianicolo, sont très anciennes. Les sources datent le premier noyau architectural au IXe siècle, lorsque la population frisonne, venue des régions côtières de la mer du Nord et convertie au christianisme, décida de construire une chapelle pour sa schola. En effet, au haut Moyen Âge, autour de la tombe de l'Apôtre Pierre, s'étaient constituées plusieurs communautés dédiées à l'accueil et à l'assistance des pèlerins d'une nation particulière qui les visitaient : les scholae peregrinorum. Ceux-ci ne concernaient pas seulement les Frisons mais aussi par exemple les Francs, les Lombards et les Saxons.
En 1989, Saint Jean-Paul II décida de consacrer un autel païen, avec les reliques des premiers missionnaires des Pays-Bas, saints Servais et Wilibrord.