تم الاعتراف بالبرتغال كدولة مستقلة من قبل الكرسي الرسولي في القرن الثاني عشر، مع براءة "ثبت بشكل واضح" (Manifestis Probatum)، للبابا إسكندر الثالث. وفي عام 1276، انتُخِبَ البرتغالي بيدرو هيسبانو البابا يوحنا الحادي والعشرين.
وصلت العلاقات إلى ذروتها بفضل المساهمة التي لا تقدر بثمن التي قدمها الملك البرتغالي والمبشرون، في القرون التالية، من أجل تبشير شعوب أفريقيا وأميركا وآسيا.
كنيسة القديس أنطونيوس للبرتغاليين، المكرسة على اسم القديس، الذي ولد في لشبونة عام 1195 وتوفي في بادوفا عام 1231، ولدت من المبادرات التي أسسها غيومار من لشبونة (1363) ومن مجمع كاتدرائية لشبونة لدعم الحجاج اللوسيتانيين. في عام 1440، أسس الكاردينال أنتاو مارتينز دي تشافيس، رئيس كهنة بازيليك القديس يوحنا في اللاتران، بمباركة من البابا بولس الثاني، دار رعاية الأمة البرتغالية وكنيسة في كامبو مارسيو. في القرن السابع عشر، أعيد بناء هذه الكنيسة على الطراز الباروكي.