Segundo a tradição, a igreja leva o nome de Prassede, filha do senador romano do século II Pudens, discípulo de São Paulo. Ela e sua irmã Santa Pudenziana foram torturadas porque foram pegas protegendo os cristãos e enterrando os corpos dos mártires que morreram durante as perseguições de Antonino Pio em poços próximos. A santa morreria depois não diretamente pelo martírio, mas porque, horrorizada com o horror das perseguições, implorou para morrer.
A igreja original foi construída a partir do século IX pelo Papa Pasquale I, e depois a estrutura original foi remodelada até o século XIX, quando atingiu sua aparência atual.
Além disso, este lugar lembra amplamente os santos Cirilo e Metódio patronos de todos os eslavos e tradutores da Bíblia para a língua eslava graças ao testamento do Papa Nicolau I, em 867. Na verdade, eles moravam bem no mosteiro de Santa Prassede e, pouco antes de sua morte, Cirilo, de acordo com seu irmão, entregou ao Papa as relíquias do Papa Clemente que eles mesmos haviam trazido para Roma.