Pierwotnie kościół znajdował się w miejscu horrea Agrippiana, czyli magazynów zboża i pszenicy, które Agryppa zbudował około 33 roku p.n.e. Były one tak dobrze zorganizowane, ze działały aż do czasów średniowiecza. Stało tu również starożytne sanktuarium, wskazujące na obecność słynnej groty Luperkal, w której, według mitologicznej rzymskiej tradycji, wilczyca karmiła braci Romulusa i Remusa.
Kościół był poświęcony św. Teodorowi z Amasei, rzymskiemu legioniście umęczonemu na Wschodzie, w latach prześladowań cesarza Maksymiliana, którego relikwie są nadal przechowywane wewnątrz świątyni. Po różnych przebudowach na przestrzeni wieków kościół został powierzony Arcybractwu Najświętszego Serca Jezusowego, założonemu w 1729 r. którego misją było zwalczanie bluźnierstw i szerzenie kultu Najświętszego Serca Jezusowego.
Ostatecznie w 2004 r. Jan Paweł II przekazał kościół do użytku Patriarsze Konstantynopola i grecko-prawosławnej wspólnocie rzymskiej.