Tradicionalmente, a igreja leva o nome da imagem da Madona que forma seu brasão (a Santíssima Virgem entre duas almas).
Teve a sua fundação em 1350 graças à contribuição de Johannes e Katharina Peters de Dordrecht, que compraram três casas e as transformaram num hospício privado para acolher os peregrinos durante o Jubileu do mesmo ano. A fachada, de Andrea Sansovino, foi construída em estilo renascentista italiano e concluída por Giuliano da Sangallo.
Posteriormente, em 21 de maio de 1406, o Papa Inocêncio VII com a bula Piae Postulatio declarou o hospício isento de qualquer jurisdição exceto a papal, e o tomou sob sua proteção imediata.
A igreja logo se tornou um ponto de referência para os peregrinos de língua alemã, graças sobretudo às relações estreitas com a família Habsburgo da Áustria, cuja águia de duas cabeças é frequentemente recorrente no programa figurativo.