三泉圣保禄堂建于5世纪,根据传统,圣保禄本人就是在这里被斩首殉道的。现场有一块牌匾写着:"S.PAULI APOSTOLI MARTYRII LOCUS UBI TRES FONTES MIRABILITER ERUPERUNT",即:"宗徒圣保禄殉难的地方,三股泉水奇迹般地涌现"。
同一传统指出,宗徒的头颅在被砍下后,在地上弹跳了三次才停下来。之后地上的这三个点涌出了三股泉水:第一股是热的,第二股是温的,第三股是冷的。为了纪念所发生的奇迹,人们建立了三座纪念碑。许多世纪以来,这水被分配给信徒,因为人们相信它对治疗疾病有神奇的作用,但从1950年起,由于污染,水流被关闭。
现今所见教堂是由建筑师贾科莫·德拉·波尔塔(Giacomo della Porta)在1599年受枢机主教伯多禄·阿尔多布兰迪尼(Pietro Aldobrandini)委托建造的。