Secondo la tradizione la Vergine Maria, venendo in sogno al patrizio Giovanni e a papa Liberio, chiese la costruzione di una dimora dedicata a lei. Il luogo dove voleva che fosse costruita sarebbe stato indicato da un evento miracoloso e il 5 agosto del 358 il colle Esquilino apparve ammantato di neve.
Il Papa allora diede impulso all’edificazione della chiesa con i finanziamenti del patrizio Giovanni, una struttura di cui ad oggi non resta traccia. L'attuale basilica risale invece al V secolo d.C., quando, durante il Concilio di Efeso del 431 d.C., Maria fu proclamata Theotòkos (Madre di Dio) e papa Sisto III stanziò i finanziamenti per la sua costruzione.
Fu proprio all’interno di questa chiesa, oggi presa in grande riferimento dalla comunità slovena a Roma, che nel Natale dell’867 i due fratelli Cirillo e Metodio furono accolti da papa Adriano II. In quella occasione il pontefice approvò solennemente l’uso dei libri liturgici in lingua slava.
I due fratelli sono tutt’oggi celebrati in Slovenia come apostoli, proprio perché anche grazie al viaggio che li aveva condotti anche per quelle terre si ebbe un consolidamento del cristianesimo tra gli Sloveni.