In origine la chiesa prendeva il nome di “Trinità del Monte” in riferimento molto probabilmente al colle romano sul quale sorge, il Pincio. I lavori di costruzione del primo edificio furono ultimati nel 1585, con la consacrazione da parte di papa Sisto V. Questi aveva inoltre affidato al famoso architetto Domenico Fontana il progetto della costruzione di una strada che connettesse questa chiesa con Santa Maria Maggiore. Fontana, visto il dislivello andatosi a creare a causa dei lavori di sbancamento, si occupò della progettazione anche della scala monumentale a due rampe che ancora oggi garantisce l’accesso alla chiesa.
Accanto alla chiesa sorge il convento fondato da Francesco di Paola nel 1494, grazie ai finanziamenti ricevuti dalla corona di Francia per accogliere in quegli anni i religiosi francesi dell’Ordine dei Minimi.
