All’interno della basilica di San Clemente sono conservati tutt’oggi i resti di San Clemente Papa (terzo successore di S. Pietro), di Sant’ Ignazio di Antiochia e di S. Cirillo (apostolo degli slavi) . San Cirillo e suo fratello San Metodio, originari di Tessalonica, nell’863 evangelizzarono la Moravia (per cui sono particolarmente cari alla comunità della Repubblica Ceca) e contribuirono allo sviluppo della letteratura slava. San Cirillo durante una precedente missione, in Crimea, trovò le reliquie di S. Clemente. Nell’867, dopo aver tradotto i testi liturgici slavi, i due fratelli giunsero a Roma per l’approvazione da parte di Papa Adriano II.
Subito dopo, San Cirillo si ammalò ma, decise comunque di entrare nel monastero di monaci greci presso la basilica di Santa Prassede dove morì nell’869, all’età di 42 anni. Metodio, riuscì ad ottenere il permesso di seppellire le spoglie del Santo presso la basilica di San Clemente, in modo tale che il fratello avesse potuto riposare accanto a papa Clemente le cui reliquie aveva portato a Roma.
La chiesa attuale, edificata nel XII secolo, è custodita e amministrata dai Padri Domenicani Irlandesi dal 1677. Nel 1857, il priore P. Joseph Mulloly, effettuò lavori di scavo che portarono alla luce l’antica Basilica di San Clemente del IV secolo e un altro livello inferiore con edifici del I secolo.
