I lavori per la sua realizzazione iniziarono nel 1551 per volontà di Ignazio di Loyola, fondatore della Compagnia di Gesù, molto attivo durante la riforma protestante.
Questa chiesa è molto legata alla comunità lituana soprattutto per la presenza al suo interno della tomba di Jerzy Radziwiłł (1556–1600), che fu nella storia il primo cardinale della Lituania consacrato all’età di soli ventisette anni.
La struttura architettonica segnò, inoltre, una svolta nella storia dell’arte. È costruita infatti nello spirito dei decreti del Concilio di Trento, durante la controriforma. Il progetto prevedeva un’unica navata, per focalizzare l’attenzione dei fedeli sull’altare e sull’oratore. Un modello che, in seguito, verrà utilizzato anche per i vari edifici religiosi eretti dalla Compagnia di Gesù in tutto il mondo.